Nel 2013 il principe decise di riformare il calcio nella sua regione, che prima d’allora stava ottenendo dei risultati estremamente poveri: dalla fusione del Johor FC (che militava in prima divisione) e del Johor FA nacque l’entità che oggi conosciamo come JDT. Nella stagione 2013 con l’ex Lazio Simone Del Nero e lo spagnolo Dani Guiza, il JDT riuscì a conquistare il terzo posto in campionato e a raggiungere la finale della FA Cup, persa per 1-0 contro il Kelantan.
Dalla stagione successiva iniziò incontrastato il dominio del Johor Darul Ta’zim, che vinse il primo campionato grazie alla guida del croato Bojan Hodak in panchina, una figura che ha legato la sua carriera in Asia tanto che ancora oggi lo troviamo in Malesia alla guida del Kuala Lumpur United FC. Altro elemento fondamentale di quella squadra era l’attaccante argentino ex Genoa Luciano Figueroa, che negli anni successivi sarebbe diventato l’allenatore del JDT.
Nel 2015 giunse la vittoria del secondo campionato consecutivo, ma passò quasi in secondo piano dopo il successo nella AFC Cup con il primo trionfo internazionale per un club malese. Nella finale della seconda manifestazione continentale per club, il JDT ebbe la meglio sull’Istiklol Dushanbe di Tajikistan grazie all’unica rete del match messa a segno dall’attaccante argentino Leandro Velazquez.